北東アジア地域自治体連合は以下のように構成・運営されています.
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• 経済人文交流
  分科委員会
• 教育·文化交流
  分科委員会
• 環境
  分科委員会
• 防災
  分科委員会
• 観光
  分科委員会
• 海洋·漁業
  分科委員会
• 鉱物資源開発
  分科委員会
• エネルギー·気候変動
  分科委員会
• 農業
  分科委員会
• 生命·医療産業
  分科委員会
• スポーツ
  分科委員会
• 物流
  分科委員会
• 国際人材交流
  分科委員会
• 国際電子商取引
  分科委員会
• 革新プラス分科委員会
• 青年政策分科委員会
• 伝統医薬分科委員会